La metodología que aplica el IDEAC parte de la consideración del protagonismo de las organizaciones beneficiarias y sus socios y socias en el diagnóstico, definición, elaboración, ejecución y evaluación de los planes y proyectos empresariales, lo cual permite la apropiación de conocimientos, el desarrollo de habilidades y destrezas y la construcción de nuevos conocimientos.
La construcción de las empresas asociativas en todas sus facetas y componentes, por parte de las organizaciones involucradas, crea las posibilidades de que la misma sea lo suficientemente auténtica, práctica y responda a los intereses colectivos de la población meta.
El acompañamiento está traspasado por un enfoque consciente y práctico de género y un tratamiento intencionado de políticas de conservación del medio ambiente y uso racional y sostenible de los bienes naturales y de la biodiversidad.